Ngày 9/6/1988 theo Quyết định số 1193/ UB của UBND thành phố Nha Trang đã tách thành trường PT cấp I Vĩnh Ngọc và trường PT cấp 2 Vĩnh Ngọc.
Ngày 5/5/1995 theo Quyết định số 86/ QĐ-GD của Sở Giáo dục-Đào tạo Khánh Hòa, được đổi tên thành trường THCS Cao Thắng.
Năm 2004 được Nhà nước đầu tư xây dựng mới, đến ngày 20/8/2005 hoàn thành đưa vào sử dụng và nhà trường có diện mạo như hiện nay.
Trải qua chặng đường dài trưởng thành và phát triển, thầy và trò trường THCS Cao Thắng vinh dự đón nhận danh hiệu trường Chuẩn Quốc gia vào ngày 22/1/2007 theo Quyết định số 148/QĐ-UBND tỉnh Khánh Hòa. Với bề dày thành tích nhiều năm liền là Trường tiên tiến cấp thành phố, Liên đội mạnh cấp tỉnh, Công đoàn vững mạnh, Chi bộ trong sạch vững mạnh, Thư viện đạt chuẩn Quốc gia và Thư viện tiên tiến theo Quyết định 01/2003/QĐ-BGD&ĐT từ năm 2010. Năm 2012 nhà trường đã hoàn thành hồ sơ đề nghị cấp trên kiểm tra công nhận lại trường đạt Chuẩn Quốc gia.
Liên tục nhiều năm, trường có học sinh giỏi toán Casio cấp thành phố .Trong năm học 2011-2012 vừa qua , trường có 02 em học sinh đạt giải nhì , giải ba cấp Tỉnh môn Ngữ Văn, Tiếng Anh. Số học sinh thi đỗ vào các trường chuyên Lê Quý Đôn, Lý Tự Trọng , Nguyễn Văn Trỗi, Hà Huy Tập hằng năm không ngừng tăng lên..
Năm học 2012 – 2013, trường THCS Cao Thắng có 459 học sinh với 18 lớp. Đội ngũ thầy giáo, cô giáo, nhân viên gồm 45 người, có 3 tổ chuyên môn (Tổ Tự nhiên, Tổ Văn-Nhạc-Họa-GD công dân, Tổ Sử-Địa-Ngoại ngữ).và 01 tổ Hành chính với đầy đủ các bộ phận công tác: kế toán, thủ quỹ, cán bộ y tế, cán bộ văn thư, bảo vệ và phục vụ.
Cơ sở vật chất nhà trường khá khang trang: Gồm 3 dãy chính thành hình chữ U (phía trước), 1 dãy phụ (phía sau). Hai dãy phòng học được sắp xếp nằm song song nhau với 12 phòng học chính; 2 phòng thí nghiệm thực hành các môn Lý, Hóa, Sinh; 1phòng máy (gồm 17 bộ máy vi tính) được nối mạng internet dùng cho việc giảng dạy môn Tin học; 01 phòng dạy các bài giảng có thiết kế giáo án điện tử với hệ thống đèn chiếu, màn hình, máy vi tính. Khối phục vụ có 12 phòng : hành chính, kế toán, công đoàn, thư viện, thiết bị, y tế, hội họp, …
Hệ thống cây xanh tỏa bóng mát & cây cảnh được bài trí trên một khuôn viên trường rộng , giúp cho bề mặt của trường khang trang, thoáng mát & tạo cảm giác yên bình cho học sinh đến trường.
Trong nhiều năm qua Ban Đại diện cha mẹ học sinh và chính quyền địa phương đã hỗ trợ bằng vật chất , tinh thần cho nhiều hoạt động của nhà trường : Tổ chức trao giải thưởng cho học sinh đỗ thủ khoa trong kỳ thi chuyển cấp, đỗ vào trường chuyên Lê Quý Đôn, phong trào học sinh giỏi các cấp, hội thi giáo viên dạy giỏi các cấp, thi đồ dùng dạy học… và các hoạt động ngoài giờ khác do nhà trường tổ chức. Đặc biệt là công tác xây dựng cơ sở vật chất để dần hoàn thiện yêu cầu của trường đạt Chuẩn Quốc gia được quan tâm thực hiện hằng năm như làm đường đi nội bộ, mở rộng sân bê tông phục vụ tốt công tác dạy và học các bộ môn ngoài trời, sửa chữa các công trình vệ sinh của HS, hệ thống nhà xe giáo viên học sinh, bãi tập...
Trải qua gần 30 năm hình thành và phát triển , trường THCS Cao Thắng ngày nay đã khẳng định vị trí của mình. Tập thể các thầy cô giáo, nhân viên nhà trường, tất cả các em hs sẽ không ngừng phấn đấu hơn nữa để xứng đáng với danh hiệu trường Chuẩn Quốc gia, góp phần đạo tạo nguồn nhân lực nhằm xây dựng thành phố Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa ngày một phát triển, văn minh và thân thiện./.